15 сентября 1990 хиротонисан во епископа Таллиннского в Александро-Невском кафедральном соборе. Прибыли также гости из Печорского монастыря и священники из Печор, духовенство из столицы, уполномоченные Финляндской православной церкви.

Как проинформировал Мянник, на церемонию прощания также прибыл архиепископ Верейский Евгений, от Латвийской православной церкви — епископ Иоанн, викарий Рижской епархии. Возложили венки послы Российской Федерации, Республики Беларусь и Греции в Эстонии. Как информирует РИА Новости, выборы нового руководителя Эстонской православной церкви пройдут после 40 дней со дня смерти Корнилия.

Скончался предстоятель Эстонской православной церкви Московского патриархата Корнилий.

«Это человек (Корнилий — прим. ТАСС), который смог проявлять мудрость и тактичность и какую-то прозорливость во время тех перемен, которые проходили в нашем государстве».

Свои сожаления в связи со гибелью митрополита Корнилия до этого выразили Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, а еще президент Эстонии Керсти Кальюлайд, премьер- министр Юри Ратас. Многие из пришедших сообщили о Владыке как о человеке недалёком и родном. Заключение отбывал в политических лагерях в Мордовии (Дубравлаг). Митрополит Таллиннский и всея Эстонии Корнилий прожил нелегкую и яркую жизнь.

Председатель правления НКО «Русский дом» Евгений Томберг сказал Sputnik Эстония, что познакомился с митрополитом Корнилием в 1999, и с того времени им доводилось часто встречаться и общаться. Решением Верховного суда Мордовской АССР от 7 сентября 1960 г. освобожден условно-досрочно. По решению экстренно созванного совещания ЭПЦ МП, временно замещать руководителя Церкви будет епископ Нарвский и Причудский Лазарь. Особенные его усилия были ориентированы на утверждение канонического Православия в Эстонии, на сохранение людей в лоне Церкви Христовой.